L'Inquisition est une juridiction créée par l'Église au XIIIe siècle pour contrer le développement des hérésies (Catharisme, Valdéisme). Peu d'institutions ont suscité autant de polémiques entre historiens. La légende noire de l'Inquisition médiévale rapporte des inquisiteurs fanatiques, enfermant les suspects enchaînés dans de sombres cachots, livrant au bûcher des milliers d'hérétiques, entravant la liberté de pensée et réprimant tout progrès d'ordre intellectuel. Ces clichés sont démentis par les faits historiques, et le nombre de victimes a depuis été revu largement à la baisse.
L'hérésie cathare, essentiellement implantée dans le Midi de la France, atteint son apogée à la fin du XIIe siècle (la croisade des Albigeois débute en 1209, Montségur tombe en 1244). C'est dans ce contexte qu'est introduite l'inquisition médiévale par le pape Innocent III en 1199. La recherche des hérétiques est alors confiée aux évêques, éventuellement aux légats pontificaux. Le pouvoir séculier (les princes), associé au pouvoir ecclésiastique, est chargé d'appliquer les condamnations. Mais devant le manque d'efficacité de cette procédure, les évêques étant trop proches des fidèles, le pape Grégoire IX publie en février 1231 la constitution Excommunicamus, véritable acte fondateur de l'Inquisition. Désormais, les hérétiques ne peuvent être jugés que par des tribunaux ecclésiastiques (et non plus par les laïcs). En outre, les juges ne dépendent que du pape. La charge de l'Inquisition est confiée aux ordres mendiants (Dominicains et Franciscains). Le Midi de la France n'est pas seulement concerné : dès 1240, l'Inquisition se répand partout en Europe, à l'exception de l'Angleterre.
L'inquisiteur est un itinérant qui, arrivé dans une localité, prêche et appelle les fidèles à exposer leurs fautes et celles des autres durant le « temps de grâce » (afin de constituer une liste de suspects). Il expose la doctrine de l'Eglise et énumère les propositions hérétiques. L'édit de grâce accorde un délai de 2 semaines à un mois aux hérétiques pour se rétracter et être pardonnés. Le délai expiré, l'hérétique peut être amené à être confronté à la justice inquisitoriale.
D'une manière générale, l'Inquisition fait peur. Cependant, l'hérésie, loin de susciter la sympathie des populations, est au contraire perçue comme un accident spirituel. « La population languedocienne, dans sa très grande majorité, ne manifeste aucune sympathie pour la dissidence et la résistance à l'Inquisition n'est pas un fait populaire » (voir bibliographie : Biget, p. 201). L'Inquisition « ne soulève donc pas contre elle l'hostilité de la population et bénéficie de l'appui de sa part la plus importante [...]. Elle serait sans doute paralysée sans cette adhésion majoritaire et sans le soutien constant de la monarchie. » (Biget, p. 205).
L'image de l'Inquisition est si négative que pour la plupart des contemporains, elle est le règne de l'arbitraire : la réalité historique bouscule les clichés. L'Inquisition est une justice en avance sur son temps, méthodique, rationnelle, paperassière et globalement moins sévère que la justice laïque. Afin d'éviter les représailles, le nom des accusateurs est gardé secret. L'accusé est invité à communiquer la liste de ses ennemis personnels, afin d'éviter toute dénonciation mensongère : les faux témoignages sont sanctionnés.
L'aveu paraît indispensable. Le suspect est soumis à de fortes pressions psychologiques (solitude, promesses d'indulgence ou menaces). En cas de nécessité, l'inquisiteur peut recourir à la torture (légalisée par le pape Innocent IV en 1252), bien qu'il en reconnaisse les limites. Son usage est cependant réglementé : il faut éviter la mutilation ou le décès. La torture était couramment utilisée dans le cadre de la justice séculière (laïque). D'autre part, « l'accusé doit renouveler ses aveux loin des instruments de torture, trois jours en principe après avoir subi la question. » (Biget). Des actes de torture ont bien été pratiqués, mais les démarches brutales voire cruelles pour obtenir des aveux ne sont pas propres au Moyen Âge, elles sont de tous temps.
Les historiens disposent de quelques données chiffrées concernant les peines infligées aux coupables.
Les manuels des inquisiteurs prêchent généralement la modération. Celui de Bernard Gui prône la fermeté mais donne aussi une place importante à l'écoute, à la discussion, au doute : « Que l'amour de la vérité et la pitié qui doivent être au coeur du juge l'éclairent sans cesse. Dès lors ses sentences ne pourront pas paraître le fait de la convoitise ou d'une cruauté perverse. »
Il existe des cas d'inquisiteurs punis ou révoqués car jugés non compétents. Ainsi en 1233, Robert Le Bougre, dans le nord de la France, prononce des sentences si sévères qu'elles conduisent trois évêques à protester auprès du pape. Suspendu, Robert retrouve ses fonctions en 1238 mais recommence à procéder avec brutalité : il est définitivement démis de ses fonctions en 1241 et emprisonné à vie.

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